Ο Σταυρός συμβολίζει την επικρατούσα θρησκεία της Ελλάδος, την Ανατολική Ορθόδοξη Εκκλησία, ωστόσο, για την επιλογή των χρωμάτων της εθνικής σημαίας, του είδους και του σχήματος της, έχουν διατυπωθεί ποικίλες υποθέσεις, συνεπώς, οι επικρατέστερες εκδοχές είναι οι εξής:
Α) Το κυανό χρώμα συμβολίζει τον ουρανό και το λευκό τον αφρό των κυμάτων της θάλασσας που περιβάλλει τη χώρα μας.
Β) Το λευκό συμβολίζει την αγνότητα του σκοπού των Ελλήνων και το κυανό υποδηλώνει τη θεϊκή παρέμβαση, αφού ο Θεός ενέπνευσε στο Έθνος την ιδέα να αναλάβει και να φέρει σε αίσιο πέρας έναν άνισο αλλά δίκαιο αγώνα.
Γ) Τα χρώματα παραπέμπουν στη ναυτική βράκα (κυανό) και στη φουστανέλα (λευκό).
Δ) Οι εννέα κυανές και λευκές οριζόντιες παράλληλες λωρίδες αντιπροσωπεύουν τις συλλαβές του «ΕΛΕΥΘΕΡΙΑ Ή ΘΑΝΑΤΟΣ» ή συμβολίζουν τη θάλασσα και τους κυματισμούς της.
Όσον αφορά την τελευταία εκδοχή, οφείλουμε να επισημάνουμε ότι το εθνικό σύνθημα «Ελευθερία ή θάνατος» διαδόθηκε ευρύτερα στον ελλαδικό χώρο κατά τη διάρκεια της Ελληνικής Επανάστασης του 1821, οπότε και χρησιμοποιήθηκε ως πολεμική ιαχή, ενώ αναγραφόταν σε πολεμικές σημαίες του απελευθερωτικού αγώνα των Ελλήνων εναντίον του οθωμανικού ζυγού.
Έτσι, το σύνθημα συνδέθηκε με την πεποίθηση ότι οι εννέα συλλαβές του, συνδέονται με τον αριθμό των λωρίδων που υπάρχουν στην ελληνική σημαία, με την λέξη «ε-λευ-θε-ρί-α» να συμπληρώνει τις πέντε γαλάζιες και τις λέξεις «ή θά-να-τος» να συμπληρώνουν τις τέσσερις λευκές λωρίδες.
Παράλληλα, ο τύπος και τα χρώματα (κυανό και λευκό) της εθνικής σημαίας καθιερώθηκαν τον Ιανουάριο του 1822 στην Α΄ Εθνοσυνέλευση της Επιδαύρου. Στις 15 Μαρτίου του ίδιου χρόνου το Εκτελεστικό Σώμα (Κυβέρνηση), που είχε αναλάβει την προσωρινή διοίκηση της Ελλάδας, όρισε με το Διάταγμα 540 τρεις τύπους σημαιών: μια σημαία ξηράς και δυο θαλάσσης, μια για το πολεμικό και μια για το εμπορικό ναυτικό.
Η σημαία της ξηράς είχε σχήμα τετράγωνο, κυανό και έφερε έναν λευκό σταυρό που κάλυπτε όλη της την επιφάνεια. Οι σημαίες της θαλάσσης είχαν την ίδια μορφή που διαθέτει η σημερινή εθνική σημαία. Μοναδική διαφορά στη σημαία του εμπορικού ναυτικού ήταν η αντιστροφή των χρωμάτων (κυανό αντί λευκού) στη θέση του σταυρού. Η σημαία των εμπορικών πλοίων εξομοιώθηκε με εκείνη των πολεμικών το 1828, όταν αναγνωρίστηκε ότι τα εμπορικά πλοία είχαν λάβει μέρος στον αγώνα ως πολεμικά.
Η εθνική σημαία τροποποιήθηκε έκτοτε αρκετές φορές, κυρίως ως συνέπεια των πολιτειακών μεταβολών, χωρίς όμως να μεταβληθεί ριζικά. Το 1833 προστέθηκε στις σημαίες του στρατού ξηράς και του πολεμικού ναυτικού ο βαυαρικός θυρεός ο οποίος διατηρήθηκε μέχρι την ανατροπή του Όθωνα τον Οκτώβριο του 1862. Με την άφιξη του Γεωργίου Α΄ το 1863 περιελήφθη στις σημαίες των ανωτέρω σωμάτων το στέμμα το οποίο παρέμεινε μέχρι τη μεταπολίτευση του 1924.
Από το 1864 η σημαία για τα τάγματα Πεζικού αποτελείτο από μεταξωτό ύφασμα που έφερε τριγύρω χρυσά κρόσσια και στο κέντρο του λευκού σταυρού την εικόνα του προστάτη της, Αγίου Γεωργίου.
Οι πολεμικές σημαίες που ισχύουν σήμερα είναι για το ναυτικό η εθνική σημαία, και για το στρατό ξηράς και την πολεμική αεροπορία ο τύπος της ορθογώνιας κυανής με το λευκό σταυρό που εκτείνεται μέχρι τις πλευρές της χωρίζοντάς την σε τέσσερα ίσα τμήματα. Στο κέντρο του σταυρού, η σημαία του στρατού ξηράς φέρει την εικόνα του Αγίου Γεωργίου, η δε σημαία της αεροπορίας την εικόνα του Αρχάγγελου Μιχαήλ.
